С момента создания в Концерне были организованы работы по построению и внедрению системы менеджмента качества (СМК), отвечающей требованиям международных стандартов ИСО серии 9000.
В 2002 году Концерн получил Сертификат соответствия № ВР 02.112.0188-2002, удостоверяющий, что система качества, распространяющаяся на все виды производственной деятельности, соответствовала требованиям ГОСТ Р ИСО 9001-96 и СРПП ВТ.

В связи с введением новых версий стандартов в области качества (национальные стандарты ГОСТ Р ИСО 9001-2001 и ГОСТ РВ 15.002-2003, который устанавливает дополнительные требования государственных заказчиков оборонной продукции к СМК предприятия) в Концерне в течение 2004 года проведена доработка СМК на соответствие новых версий стандартов. Руководством Концерна ПВО была принята новая редакция Политики в области качества, уточнены цели и задачи, определены пути решения взятых обязательств.
В конце 2004г. была проведена ресертификация СМК, проведенная органом по сертификации ФГУП «НТЦ «Промтехаэро» Системы добровольной сертификации «Военный регистр».

По результатам ресертификации Концерну ПВО был выдан Сертификат соответствия № ВР 15.112.0691-2004, удостоверяющий, что система менеджмента качества, распространяющаяся на разработку, производство, техническое обслуживание, ремонт и утилизацию продукции, соответствует требованиям ГОСТ Р ИСО 9001 и ГОСТ РВ 15.002-2003.

С момента создания Концерн осуществляет координацию работ дочерних и зависимых обществ (ДЗО) в области менеджмента качества, мониторинг состояния сертификации систем менеджмента качества на соответствие установленным требованиям и выдает рекомендации по улучшению деятельности и повышению результативности функционирования СМК ДЗО.